A FIFA 13-ban debütál az úgynevezett Skill Games játékmód, mely az új fizikai lehetőségek és az Impact Enginenek köszönhetően a játékkal egybeolvadva kínál új kihívásokat. Sokan azt gondolhatják, hogy ez az újítás egyértelmű nyitás egy új célközönség felé, ami egyfelől igaz, azonban a tapasztaltabb játékosok is számtalan újdonságot fedezhetnek fel ezáltal a játék irányításával kapcsolatban. A játékmód elsődleges célja, hogy a játékost megtanítsa a FIFA alapjaira, mindezt részekre és különböző nehézségi szintekre bontva.
A játékmód 8 alapvető szekcióban hoz el nekünk 32 különböző játékot, melyek az egyszerű lapos és emelt passzok, a cselezés, a lövések, szögletek, szabadrúgások és a büntetők gyakorlását segítik elő. Minden erőpróbának három szintje van, a bronz, az ezüst, valamint az arany fokozat. A játékok nagyban hasonlítanak egy edzéshez, ahol a játékosok szlalomban vezetik a labdát, cicáznak, műsorfalas szabadrúgást végeznek el, de vannak olyan érdekességek is mint például a lábtenisz.
A mérkőzés betöltése közben ezentúl nem az arénában, a kapuval szemben találhatjuk magunkat, hanem ezen kihívások egyikével kell megbirkóznunk. A játékok véletlenszerűen töltődnek be, figyelembe véve azt, hogy melyeket nem sikerült még teljesíteni. Lehetőség van arra is, hogy ezekkel a játékokkal direkt módon szórakozhassunk, a főmenüből elérhető új játékmódot tehát nem csak mérkőzés előtt élvezhetjük.
A legtöbb játékosnak a bronz kihívások nagyon egyszerűnek bizonyulhatnak, azonban a gyakorlatok a szintek előrehaladtával egyre izzasztóbbak is lehetnek. Számos kihívásban az idő ellen kell megküzdenünk és előfordul olyan is, hogy csak bizonyos számú próbálkozás áll rendelkezésünkre, ez nyilván a mérkőzés betöltése előtt bosszantó igazán. A nehézség fokozására számos eszközt is bevet kedvenc játékunk, ilyen lehet a játéktér csökkentése, a fokozott védőmunka, a passzsávok direktebb blokkolása. Előfordul olyan is, hogy nem az ellenfél erősödik, hanem például a kontrollerbeállításaink automatikusról manuálisra váltanak.
Messi a (láb)teniszpályán is otthon érzi magát.Miután átverekedtük magunkat a 3 szinten, szembekerülünk a skill challenge egy olyan részével, amely már a legnagyobb játékosok számára is nehézséget okozhat. Ilyen például amikor egyszerre 6 játékost irányítunk a kezdőkör vonalán, ahol két védőjátékos próbálja megszerezni tőlünk a labdát. A passzolás manuálisra van állítva, valamint egy négyzetalapú terület vonalain belül szabad csak tartózkodni, amint kilépünk belőle, a játék végetér. Számos extra pontot szerezhetünk azzal, hogy a játékosok között, vagy akár felett passzolunk társainknak. A pontszámoknak azért is van nagy szerepe, mert a játék végeztével, amikor elérjük a negyedik, legendás fokozatot a pontszámaink összegzésre kerülnek, melyek felkerülnek egy globális ranglistára. Ennek köszönhetően összemérhetjük ügyességi szintünket barátainkkal és kedvenc ellenfeleinkkel. Mindez arra ösztönöz, hogy újból és újból nekifussunk egy-egy kihívásnak pontszámaink növelése érdekében, ezáltal előbbre verekedjük magunkat a tabellán, vagy megőrizzük vezető pozíciónkat.